Předmětem činnosti EÚ AV ČR je základní i aplikovaný vědecký výzkum v oblasti etnologie, v oborech s etnologií bezprostředně souvisejících. EÚ provádí vědecký výzkum, poskytuje informační služby, metodologickou pomoc při výzkumech, připravuje expertní analýzy, podílí se na výuce oborových specialistů. EÚ svou činností přispívá k poznání způsobu života a kultury různých národních, sociálních a etnických skupin a národnostních menšin v českých zemích i v zahraničí. Ústav rozšiřuje vědecké informace, vydává odborné publikace, časopisy, sborníky, organizuje vědecké konference a semináře, vlastní sbírkové fondy, které zpracovává a klasifikuje, vytváří katalogy, bibliografie a pramenné indexy, poskytuje vědecké posudky, stanoviska a doporučení v oblasti etnologie a oborově souvisejících disciplin. Základní výzkum se zaměřuje na tradiční kulturu duchovní i hmotnou a na problematiku sociálních vztahů v historické perspektivě i v současnosti. Ve spolupráci s vysokými školami spolupracuje na přednáškové činnosti a vychovává vědecké pracovníky. Ústav je tvořen dvěmi pracovišti v Praze a v Brně a těmito odděleními: oddělení paměťových studií, oddělení mobility a migrace, oddělení pro výzkum kulturního dědictví, oddělení eklogické antropologie, oddělení etnomuzikologie a etnochoreologie, středisko vědeckých informací a hospodářská správa.